قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور – ماده ۶۵
ماده ۶۵- به‌منظور ساماندهی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی و ایفای نقش مؤثر آنها در تحقق اهداف سند چشم‌انداز بیست‌ساله نظام، اعمال مدیریت یکپارچه و ایجاد رشد اقتصادی مناسب در این مناطق، هم‌پیوندی و تعامل اثرگذار اقتصاد ملی با اقتصاد جهانی و ارائه الگوی توسعه ملی در بخشهای مختلف:
الف- مدیران سازمان‌های مناطق آزاد به‌نمایندگی از طرف دولت، بالاترین مقام منطقه محسوب می‌شوند و کلیه وظایف، اختیارات و مسؤولیت‌های دستگاههای اجرائی دولتی مستقر در این مناطق به‌استثنای نهادهای دفاعی و امنیتی به‌عهده آنها است. سازمان‌های مناطق آزاد منحصراً براساس قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری . صنعتی و اصلاحات بعدی آن و قانون کار اداره می‌شوند.
تبصره ۱- واگذاری وظایف، اختیارات و مسؤولیت‌های دستگاههای تحت‌نظر مقام معظم رهبری، با موافقت ایشان صورت می‌پذیرد.
تبصره ۲- اختیارات فرماندار در مورد مصوبات شوراهای اسلامی شهر و روستا در مناطق آزاد به مدیرسازمان منطقه آزاد واگذار می‌شود.
ب- کالاهای تولید و یا پردازش‌شده در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی به‌هنگام ورود به سایر نقاط کشور به نسبت مجموع ارزش افزوده و ارزش مواد اولیه و قطعات داخلی به‌کاررفته در آن، تولید داخلی محسوب و از پرداخت حقوق ورودی معاف است.
تبصره ۱- مواد اولیه و کالاهای واسطه‌ای خارجی به‌کاررفته در تولید، مشروط به پرداخت حقوق ورودی، در حکم مواد اولیه و کالای داخلی محسوب می‌شود.
تبصره ۲- مواد اولیه و قطعات خارجی به‌کاررفته در کالاهای تولید و یا پردازش‌شده در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی که درگذشته از سایر مناطق کشور به منطقه ارسال‌شده و در تولید و یا پردازش محصولی که به کشور وارد می‌شود، به‌کار گرفته شود در حکم مواد اولیه تلقی می‌شود و از پرداخت حقوق ورودی معاف است.
پ- هزینه‌های بندری مربوط که طبق قوانین جاری از کشتیها و شناورها بابت خدمات بندری دریافت می‌شود در صورتی که این بنادر توسط بخشهای خصوصی، تعاونی و مناطق آزاد تجاری- صنعتی در محدوده مناطق آزاد ایجاد شده باشند، توسط سازمان‌های مناطق آزاد مربوطه اخذ می‌شود. مناطق آزاد مجازند نسبت به ثبت و ترخیص کشتیها طبق قوانین جاری و بین‌المللی اقدام کنند.
ت- مبادلات کالا بین مناطق آزاد و خارج از کشور و نیز سایر مناطق آزاد از کلیه عوارض (به‌استثنای عوارض موضوع ماده(۱۰) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری – صنعتی جمهوری اسلامی ایران مصوب ۷/۶/۱۳۷۲)، مالیات و حقوق ورودی معاف می‌باشند.
ث- به منظور گسترش ارتباطات علمی با مراکز و نهادهای آموزشی و تحقیقاتی معتبر بین‌المللی، ایجاد نمایندگی دانشگاههای داخلی و معتبر خارجی بر طبق اعلام وزارتخانه‌های ذی‌ربط و تأسیس دانشگاههای خصوصی در مناطق آزاد تجاری . صنعتی و ویژه اقتصادی با رعایت قوانین مربوط مجاز است.
ج- محدوده آبی مناطق آزاد تجاری- صنعتی با رعایت ملاحظات امنیتی و دفاعی که به تأیید ستادکل نیروهای مسلح می‌رسد به فاصله هشتصدمتر از قلمرو خاکی مناطق آزاد تعیین می‌شود و از امتیازات قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری- صنعتی ایران مصوب ۷/۶/۱۳۷۲ و اصلاحات بعدی آن برخوردار است.
چ- به منظور زدودن فقر از چهره مناطق آزاد تجاری، سازمان‌های مناطق آزاد موظفند حداقل یک‌درصد(۱%) از محل وصول عوارض ورود و صدور کالاها و خدمات این مناطق را از طریق نهادهای حمایتی به محرومان و نیازمندان بومی این مناطق اختصاص دهند.